E-4C 整合 ALCS 的核心挑戰在於系統相容性與抗核電磁脈衝(EMP)的嚴苛要求。由於 E-4C 需承接「鏡子」任務,必須具備空中遙控發射洲際飛彈的能力,這涉及極其複雜的通訊協定與硬體改裝。過去 E-4B 曾因成本過高放棄此系統,顯示其技術門檻與整合經費極大。後續維護方面,隨著機隊規模預計擴增至 8 架,加上 747-8i 二手客機改裝後的特殊零件供應鏈,長期維修成本將顯著攀升。這不僅是單純的飛機維護,更是高昂的核武指揮系統升級與保修支出,對國防預算將形成不小壓力。